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Aug 25, 2023

L'« inconnu » répertorie près de 2 millions de protéines. Beaucoup sont mystérieux

La base de données « unknome » classe les protéines humaines selon le peu que nous en savons à leur sujet. De nombreuses protéines, ainsi que les gènes qui les composent, ne sont pas bien compris, et il y a encore beaucoup à apprendre de l'humain.

La base de données « unknome » classe les protéines humaines selon le peu que nous en savons à leur sujet. De nombreuses protéines, ainsi que les gènes qui les fabriquent, ne sont pas bien compris, et il reste encore beaucoup à apprendre du manuel d'instructions sur la génétique humaine.

Richard Jones/Bibliothèque de photos scientifiques/getty images

Par Skyler Ware

8 août 2023 à 15h05

Lorsqu’on parle de vastes frontières sous-explorées, l’espace et les océans de la Terre viennent à l’esprit. Mais même dans le corps humain, il reste encore beaucoup à découvrir. Découvrez « unknome », une nouvelle base de données qui souligne à quel point nous ignorons encore tout ce que nous savons sur les gènes et les protéines humaines.

La base de données accessible au public classe les groupes de protéines en fonction du peu de connaissances à leur sujet. Ces informations pourraient aider les scientifiques à identifier des protéines pour des études futures, notamment pour le traitement des maladies et la découverte de médicaments, rapportent les chercheurs le 8 août dans PLOS Biology.

Le biologiste cellulaire Sean Munro et ses collègues ont compilé l'unknome — un portemanteau des mots inconnu et génome — pour identifier des protéines peu étudiées mais potentiellement importantes et leurs gènes codant pour les protéines correspondants : l'ADN qui copie la recette d'une protéine en ARN (SN : 09/02/22 ).

Les protéines sont généralement regroupées en familles qui ont un ancêtre évolutif commun. La base de données Unknome contient toutes les familles de protéines dont au moins une protéine est codée par le manuel d'instructions génétiques humaines, ou génome, ou par les génomes de 11 autres organismes couramment étudiés. Plus de 13 000 groupes et près de 2 millions de protéines sont inclus.

L’inconnu attribue un score de « notoriété » à chaque groupe de protéines en fonction de ce que l’on sait sur leurs gènes correspondants. Quelque 3 000 de ces groupes, dont 805 contenant au moins une protéine humaine, ont un score de notoriété de zéro, ce qui montre qu'il y a encore beaucoup à apprendre dans le génome humain (SN : 31/03/22).

Munro et ses collègues ont utilisé la base de données pour étudier 260 gènes partagés entre les mouches des fruits et les humains et qui ont de faibles scores de notoriété. Après avoir mesuré l'activité de chacun des gènes codant pour les protéines des mouches, les chercheurs ont découvert qu'environ 60 d'entre eux étaient essentiels à la vie. D'autres étaient importants pour la reproduction, la croissance, le mouvement et la résilience contre le stress.

"Même dans des [organismes] très bien étudiés comme les mouches, de nouvelles choses peuvent être découvertes", explique Munro, du laboratoire de biologie moléculaire du Medical Research Council à Cambridge, en Angleterre.

On ignore encore si certains ou tous ces gènes ont des effets similaires chez l’homme. Mais la base de données pourrait aider les chercheurs à identifier d'importantes protéines humaines en criblant rapidement des protéines similaires dans des organismes plus faciles à étudier comme les mouches des fruits, explique Tudor Oprea, scientifique des données d'Expert Systems Inc., une société de découverte de médicaments à San Diego, qui n'a pas été impliquée dans l'étude. étude.

Munro dit que la prochaine étape pour son groupe est de travailler avec des efforts similaires comme la Understudied Proteins Initiative pour une étude à grande échelle de ces mystérieuses protéines.

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JJ Rocha et coll. Inconvénients fonctionnels : Criblage systématique de gènes conservés de fonction inconnue. Biologie PLOS. Vol. 21, 8 août 2023. est ce que je : 10.1371/journal.pbio.3002222.

Skyler Ware était le boursier AAAS Mass Media Fellow 2023 de Science News. Elle est doctorante en cinquième année. étudiante à Caltech, où elle étudie les réactions chimiques qui utilisent ou créent de l'électricité.

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